近年来，酸奶成了现代人养生的佳品。不管需不需要，都要来一瓶含益生菌的酸奶，饭前来一瓶酸奶，促进食欲；饭后来一瓶酸奶，促进消化。含益生菌制剂在临床上也得到了广泛的应用。腹泻了，让益生菌来帮忙；消化不良，也让益生菌来帮忙，我们在应用益生菌的同时，益生菌的安全性也是我们应该关注的问题。
益生菌依据菌株的来源和作用机制，可分为原籍菌制剂、共生菌制剂和真菌制剂。原籍菌制剂所使用的菌株来源于人体肠道菌群，服用后可以直接补充原籍菌，发挥作用，如双歧杆菌。共生菌制剂所使用的菌株来源于人体肠道以外，与人体原籍菌有共生作用，服用后能够促进原籍菌的生长与繁殖，或直接发挥作用，如芽孢杆菌、枯草杆菌等。布拉氏酵母菌属真菌制剂。益生菌用于消化道疾病证据级别见表1。
表1 益生菌用于消化道疾病证据级别见
A：高级别证据；B：中等级别证据。
随着益生菌的广泛应用，益生菌引起的潜在危害性也是不能忽视的。
益生菌菌株的耐药性是由菌株本身携带天然耐药基因。可用于食品的菌种中：副干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、格氏乳杆菌及植物乳杆菌之间存在水平基因转移，也即是可以进行遗传物质交流。如罗伊杆菌和鼠李糖乳杆菌对万古霉素天然耐药，若益生菌携带有耐药基因并能转移至病原菌或肠道细菌，那我们肠道将会有耐药基因或耐药细菌传播的危险。
FAO/WHO及EFSA建议，携带有耐药基因的益生菌不应使用在食物链和饲料领域。要想阻止耐药基因的传播，益生菌产品生产商就应对益生菌耐药性进行评价。
所有益生菌都能在严重肠壁屏障通透性改变的条件下发生易位。有些细菌发生易位，也会很快从体内消失，不会产生危害；但有些益生菌发生易位，可能导致机体感染，引发败血症或心内膜炎。因此建议存在以下情况的人群慎用益生菌：先天性或获得性免疫缺陷、心内膜炎、化疗、放疗、腹腔手术、HIV感染、危重病人、器官移植术后、妊娠及中性粒细胞减少症。
