关于擅自离职扣工资的问题，可以得出以下结论：
员工擅自离职时，用人单位可以扣除其当月工资的20%作为补偿。
扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
《工资支付暂行规定》第九条明确规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
如果员工擅自离职给公司造成经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿经济损失，并从其工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
综上所述，用人单位在员工擅自离职时，可以扣除其当月工资的20%作为补偿，但扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果员工给用人单位造成经济损失，用人单位还可以要求劳动者赔偿，并从其工资中扣除，但同样受到20%的限制。
