法院不给房屋确权的原因可能包括以下几点：
农民在耕地上未经审批私建住宅或用于其他非农业用途，违反了土地管理法的相关规定，因此无法进行房屋确权。
在农村地区，由于历史原因，部分房屋产权不明确，存在多方争议，导致房屋无法确权。
农村宅基地通常属于村集体，只有村集体经济组织成员才有资格分配和使用宅基地，非成员无法进行房屋确权。
临时建筑在规定期限内必须拆除，且建设前需经相关部门批准。若建筑未在期限内拆除或未经批准，则无法确权。
根据新政策，一户只能拥有一处宅基地，多宅情况下的其余宅基地无法确权。
如果房屋长时间空闲、倒塌或拆建后两年未重建，只剩大致轮廓，则无法确权。
外来人口在本村建造或购买房屋，由于不属于村集体成员，无法进行房屋确权。
利用国家的基本农田建造房屋或用于经商，违反了土地用途，无法确权。
宅基地证件上的姓名与实际使用人不符，或不是同一人，无法确权。
宅基地的使用若不符合现有的《乡镇土地利用总体规划》原则，无法确权。
若房屋建设或购买过程中违反其他相关法律法规，也无法确权。
综上所述，法院不给房屋确权的原因多种多样，主要涉及违法建筑、权属不清、非村集体成员、临时建筑、一户多宅、房屋状态不符、非法购买、小产权房等问题。建议涉及房屋确权的农民或相关权利人，及时查明原因并寻求合法解决方案。
