在公司注销税务稽查中，主要会检查以下几个方面：
查看企业的总账、现金日记账、银行存款账，以及记账凭证，特别是近一年的记录。
检查发票填开情况，是否存在漏交或错交税款的情况。
核查企业涉及的税种，包括增值税、企业所得税、个人所得税、印花税等，确保足额清缴税款。
检查是否存在需要补缴的税款，如未报或少报的税款、滞纳金和罚金等。
核查库存账实是否相符，若账实相符，则妥善处理，如分配给股东或投资者作为出资的收回或利润的分配，并缴纳相应个人所得税。
若账面库存大于实际库存，则补缴税款、滞纳金和罚金，或按视同销售处理，并缴纳增值税。
检查账面上是否有应收应付账款，特别是期限长、金额大的账款。注销时，应收账款如果收不回来则转入坏账处理，应付账款需要归还，不能归还的则转入营业外收入或清算收入处理。
检查企业是否存在虚开发票的问题，发票开具是否规范，是否存在未按规定使用和管理的发票。
查询企业签订的合同内容，查看是否存在异常交易情况。
以结算方式为出发点，查询银行卡及现金的流向，检查是否存在无真实资金流或资金流异常回流的情况。
检查企业是否存在其他税务违法行为，如偷税漏税等，即使已经注销，税务机关仍有权进行稽查并要求补缴税款及可能的滞纳金和罚款。
企业在注销前需要提供清算报告，报告中应包含保留意见或无保留意见，以证明没有未结清的税款或其他税务问题。
建议：
企业在注销前应仔细自查，确保所有税款已足额缴纳，账目清晰，不存在虚开发票等违法行为。此外，建议提前与税务稽查部门沟通，了解具体的检查要求和流程，以便顺利完成注销手续。
